落射式荧光照明是现代显微镜技术的主流选择
发光显微镜的基本功能就是把发射荧光从激发光中分离出来，在需要的波长范围内照射样品。通过适当配置的显微镜，只有发射光可以到达眼睛或探测器，这样荧光结构就会和很暗(或黑)的背景以高对比度叠加。探测极限通常取决于背景的黑暗程度，激发光的数量一般是几十万至数百万倍。
如图1所示为现代落射荧光显微镜，装备了透射及反射荧光显微镜。在图片的中心，垂直照明器的一端是一个光源(标为落射箱)，另一端是滤光立方体转塔。这种结构包含了一个基本的反射光显微镜，其中反射光的波长大于激光发光的波长。JohanS.Ploem由于在反射光荧光显微镜中的垂直发光元件而获得了好评。一种特殊波长(或确定的波段)荧光直射灯，通常位于可见光谱的紫外、蓝色或绿色区域，即励磁过滤器。由二色镜(亦称二向色)镜或分光镜的表面激发滤光片的波长，由一种强光浴试样通过显微镜观察。当样品有荧光时，由物镜采集到的发射光经过二色镜，然后由滤镜过滤(或发射)过滤，挡住不必要的激发波长。应该注意的是，在光学显微镜中，荧光是唯一的模式，当样品被激发后，它们就会发光。所发出的光沿各个方向重复辐射，而不管激发光源的方向是什么方向。
落射式荧光照明是现代显微镜技术的主流选择，它介于观察管与容纳物镜的物镜转换器之间。照明装置的目的是，首先通过显微镜物镜(在这种结构中充当聚光镜)，然后利用同一物镜捕捉射出的荧光。这类照明灯有几个优势。最早作为校正聚光镜使用的荧光显微镜，第二个作为成像聚光灯使用。由于只有一个组件，物镜/聚光镜总是保持完美的排列。大多数激光发光都经过了物镜，但没有发生交互作用，而且只局限于通过目镜(多数情况下)所能看到的区域。不像一些比度增强技术，在Kohler照明中正确配置显微镜时，物镜的全数值孔径是可用的。
最后，
图示2-荧光过滤器。
像图1所示，反射光垂直照明灯盒包括后端(通常为水银或氙灯)电弧放电灯箱。激光辐射沿垂直于显微镜光轴的光源传播，穿过聚光透镜和可变的、居中的孔径光阑，然后穿过可变的、居中的视场光阑(见图1))。光线随后照射到一个激发滤光片，在这里选择想要的波段，并且阻挡不需要的波长。经过选择的波长经过激发滤光片后达到二色分光镜，这是一种特殊的干涉滤光片，它能有效地反射短波光，并且能有效地穿过长波。与入射相比，二色分光镜的激发光倾斜45度的角度，并通过物镜光学系统直接反射到样品上，使光线成90度角。发光样品产生的荧光发射是用物镜采集的，现在用来进行常规的成像功能。由于发射光由比激发光长波构成，
进入二色镜的大多数散射激发光被反射回光源，不过通常会有一小部分通过反射镜的内层吸收。放射出的荧光到达目镜或检测器前，必须先穿过一道屏障或抑制过滤器。这种滤波器可以阻止(抑制)任何剩余的激发光，并且使所需要的更长的发射波长通过。大部分的反射光源是由激发滤光片、二色镜和屏障滤光片组成的，如图2所示，如图2所示.现代荧光显微镜可容纳4至6个荧光立方(一般是旋转的转塔处或穿过滑块机构)；并且可以让使用者方便的连接到售后激励和挡板过滤器，还有二色镜。
立式光源设计应该能让使用者针对Köhler照明而调节显微镜，在整个视野内提供明亮而均匀的照明孔径。修正后的聚光透镜应保证定心孔径光阑的像和聚焦物镜的后孔径共轭。对焦的，在现代照明器中，预焦的视场光阑的图象与定目镜光阑平面共轭。
照明灯箱内通常安装红外线抑制滤波器。箱体本身不应该泄露有害的紫外光，最好有一个开关，这样当灯罩在工作期间意外打开时，它能自动关闭。这些灯箱应该足够结实，能够承受工作过程中可能出现的燃烧器爆裂(弧光放电灯)。这种新型灯箱的灯座配有调整旋钮，它能将弧光图象放置于物镜后孔的中央(在科勒照明中，这两面都是共轭)。当不用检测器观察或成像样品时，最好在光路的某个地方设置一个快门，使其完全阻止激光发光，而靠近灯箱和激发滤波器。另外，应该提供中性密度过滤器(车轮、转盘或滑块)，以便使用者能降低激发照明的强度。
